Windows平台Linux虚拟机安装及其生物信息学软件部署

服务对象

中国科学院植物生理生态研究课题组

服务类型

信息学(软)硬件环境类

服务内容:

与Windows环境相比,用Linux环境进行生物信息学数据分析更加便利。 现实中,我们的工作环境通常是Windows操作系统。通过虚拟机(Virtualbox)安装Linux系统(一般我们推荐Ubuntu或者CentOS)能够给生物信息学或者没有硬件资源的入门者提供相当大的便利。 我们在Biostack.ORG 上提供了Linux系统的安装说明(http://www.biostack.org/?p=63)。 我们在虚拟机上部署了基本的生物信息学程序,包括了BLAST程序(ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux), HMMER(hmmer-3.1b1-linux-intel-x86_64), BWA, Geneious Basic R6-1以及SRA Toolkit (sratoolkit.2.3.2-5) 以及各种数据库,例如NR , P450, Dbcan等。

virtualbox

另外我们还根据客户的需求,提供了各种定制的程序。

  1. 提取BLAST(BLAST Plus 的 XML版本和TEXT 版本)结果的程序BLASTparser。
  2. 提取HMMER (非Table格式)结果的程序HMMERparser 。
  3. 根据Access号直接从NCBI下载序列的程序seqFetchByEutils。
  4. 从Genbank 格式文件提取核酸和蛋白的程序gbParser。
  5. 基于BWA将通用引物(单端或者双端)Mapping到用户定义参考序列上并获取引物下游300bp序列或者引物对之间的序列的程序primer_mapper,参考序列可以为NT库,也可以为任意定义的其他库。 另外,还根据实际情况,为客户定制专业的软件使用技术支持。
参考
  1. http://www.biostack.org/?p=63
  2. http://www.biostack.org/?p=7
  3. https://www.virtualbox.org/
  4. http://www.ubuntu.com/
  5. http://www.centos.org/