团队介绍

张 磊

上海逻捷信息科技有限公司

研究方向

  • 维护Biostack项目,对已有的生物信息学软件(偏向于开源/免费软件)进行测评,并进行二次开发。
  • 组学的数据分析以及集成解决方案,易于Web的可定制的生物信息工具集成解决方案。
  • 基于组学的个体化医疗模式探索。

测序相关的工作基础 已经完成的项目

  • 参与了日本血吸虫基因组项目中的基因组注释工作。
  • 斜卧青霉基因组的组装,注释、比较基因组学分析以及转录组和分泌组学分析。
  • 白蚁肠道原虫元转录组以及白蚁肠道的微生物群落的种群结构和功能结构研究分析。
  • 蚜虫、蝎子转录组数据拼接和功能注释。
  • 斜卧青霉和李氏木霉的RNA-seq数据分析。

代表文章:

  1. Liu N, Zhang L, Zhou H, Zhang M, Yan X, Wang Q, Long Y, Xie L, Wang S, Huang Y, Zhou Z: Metagenomic Insights into Metabolic Capacities of the Gut Microbiota in a Fungus-Cultivating Termite (Odontotermes yunnanensis). PLoS One 2013, 8:e69184.
  2. Liu G*, Zhang L***, Qin Y*, Zou G*, Li Z*, Yan X, Wei X, Chen M, Chen L, Zheng K, et al: Long-term strain improvements accumulate mutations in regulatory elements responsible for hyper-production of cellulolytic enzymes. **Sci Rep 2013, 3.
  3. Liu G*, Zhang L***, Wei X*, Zou G*, Qin Y, Ma L, Li J, Zheng H, Wang S, Wang C, et al: Genomic and Secretomic Analyses Reveal Unique Features of the Lignocellulolytic Enzyme System of Penicillium decumbens. **PLoS One 2013, 8:e55185.
  4. Xie L, Zhang L, Zhong Y, Liu N, Long Y, Wang S, Zhou X, Zhou Z, Huang Y, Wang Q: Profiling the metatranscriptome of the protistan community in Coptotermes formosanus with emphasis on the lignocellulolytic system. Genomics 2012, 99:246-255.
  5. The Schistosoma japonicum Genome Sequencing and Functional Analysis Consortium: The Schistosoma japonicum genome reveals features of host-parasite interplay. Nature 2009, 460:345-351.
  6. Xu Z, Zhou Y, Li L, Zhou R, Xiao S, Wan Y, Zhang S, Wang K, Li W, Li L, et al: Genome Biology of Actinobacillus pleuropneumoniae JL03, an Isolate of Serotype 3 Prevalent in China. PLoS One 2008, 3:e1450.