软(硬)件环境部署

软(硬)件环境部署

基于虚拟机的解决方案

采用开源的Oracle VM VirtualBox 可以很方便的的部署Linux 环境,而且通过VirtualBox Guest Additions 可以很方便的实现宿主系统(Windows或者Mac OS X )与 客户系统(我们在VirtualBox 上安装的Linux)系统之间的数据共享,对生物信息数据分析通过了相当大的便利。

通过将常用的生物信息学软件或者客户按照需求定制的软件部署在VirtualBox Linux上可以极大的方便生物信息数据分析人员,只需要关注数据分析本身,并避免将大量的精力放在软件的安装和调试上。

目前提供两种类型的客户系统(Ubuntu 12.04 和 CentOS 6.4)。

我们目前提供的虚拟机提供了下列常用的生物信息学软件:

此外我们提供很多比较实用的脚本:

  1. BLASTparser 提取BLAST(BLAST Plus 的 XML版本和TEXT 版本.
  2. HMMERparser 提取HMMER (非Table格式)结果的程序.
  3. seqFetchByEutils根据Access号直接从NCBI下载序列的程序.

我们会不断更新这个列表。

如果需要进行定制,请联系技术支持support@logicinformatics.com

update:2013.08.04

生物信息学解决方案

  1. Easy_GO! — 集成的 GO 注释方案
    Easy_GO! 程序整合了NCBI nr, Swiss-prot, Interproscan, String的信息,并对Blast2GO 的进行了进一步的挖掘,使用户接口更加简洁。

update:2013.08.08